Sovrapposta alla parete occidentale della cappella maggiore, la cappella di S. Nicola fu probabilmente costruita dall’eremita Pietro per riservarsi un ambiente separato dove attendere alla contemplazione .Le pareti sono ricoperte da affreschi databili al secolo XI. Nella volta quattro angeli sostengono un busto del Cristo inserito in un medaglione, sotto il quale sono raffigurati su un’unica linea due file di Santi in veste monacale o vescovile, undici da una parte, sette dall’altra. Nell’abside si trova una Vergine col Bambino tra S. Paolino a destra e S. Nicola a sinistra, in abito vescovile. Sull’arco absidale sono dipinti S. Giovanni Battista S. Giovanni Evangelista, dei quali si è persa la parte inferiore.
La parete di fronte all’abside porta, ai lati di una finestra ad arco, S. Cesareo e S. Nicola, ai quali corrispondono, all’esterno due angeli sotto un medaglione contenente la mano di Dio.
